Geschiedenis 

Al in 1954 werd op de vergadering van de Particuliere Synode West van de Gereformeerde Gemeenten, een commissie benoemd, die de taak kreeg de mogelijkheid te onderzoeken van de oprichting van een school met internaat voor schipperskinderen. Het jaar daarna bleek dat de oprichting grote financiële offers zou vragen. Toch voelde men de noodzaak te komen tot oprichting van een eigen internaat, immers: 

• de school behoort aan te sluiten aan en aldus de voortzetting van onze huiselijke opvoeding te zijn 
• onze schipperskinderen moeten voor het onderwijs aan de wal zoveel jaren onder vreemden verkeren. 
• onmiskenbaar wordt door het onderwijs een stempel op hen gedrukt; een stempel dat, krachtens onze belijdenis, overeenkomstig onze huiselijke en kerkelijke opvoeding moet zijn. 

Aldus notulen van de vergadering van afgevaardigden d.d. 1 juni 1956 

In 1957 waren minder kinderen opgegeven dan verwacht werd. Dat men zich hierdoor niet liet ontmoedigen, bleek uit de goedkeuring die een vergadering gaf aan de akte met betrekking tot de ‘Stichting tot vestiging van internaten voor schipperskinderen, uitgaande van de Gereformeerde Gemeenten’ en uit een vergadering met 18 schippers die verklaren het deputaatschap daadwerkelijk te steunen. Allereerst werd in Rotterdam naar een geschikte locatie gezocht. Plannen gingen niet door i.v.m. de te hoge bouwkosten of doordat het te lang ging duren voordat een geschikt pand beschikbaar kwam. 

In 1964 werd de gedachte uitgesproken geen nieuwe pogingen meer te ondernemen, maar ouderling Sterk uit Dordrecht pleitte voor voortzetting. In 1965 werd ds. D. Hakkenberg adviseur. Hij vestigde de aandacht op Dordrecht als geschikte vestigingsplaats 

Een jaar later wordt de mogelijkheid onderzocht of het Rijk zich garant wilde stellen voor rente en aflossing. Steeds weer zijn er moeilijkheden, maar in het gebed mocht de Heere om zijn zegen gevraagd worden. 

Het duurde nog tot 1975 voordat het internaat van start ging: Eben-Haëzer! De start was in een tijdelijke huisvesting, een aantal woningen in flats aan de Blauwweg. Op 23 oktober 1976 vond de officiële opening plaats van het internaat aan de Maria Montessorilaan. Als directie-echtpaar werden dhr. en mw. Van der Heiden benoemd. Zij woonden intern. Doordat het aantal aanmeldingen hoog was, groeide het internaat sterk, zodat de bovenste ruimte, waar enkele leidsters intern woonden, verbouwd werd tot een groep voor oudere meisjes. 

In 1983 gaan tijdelijk een aantal oudere meisjes in flats aan de Mauritsweg wonen. Gedacht wordt aan nieuwbouw voor een dependance, maar in 1985 werd een gebouw aan de Vorrinklaan toegewezen. Dit pand werd verbouwd en in 1986 geopend: ‘De Drechtstromen’. 

In het jaar 1991 werd een Begeleide Kamer Bewoning (BKB) ten behoeve van oudere jongens gestart in een pand aan de Regenboogstraat: ‘De Uiterton’.  Landelijke ontwikkelingen, zoals het dalend kinderaantal, werden ook binnen Eben-Haëzer merkbaar. Het aantal kinderen daalde en hierdoor werd het noodzakelijk de dependance (juli 2000) en de begeleide kamer bewoning (juli 2005)  af te bouwen en te sluiten. 

In tegenstelling tot de landelijke ontwikkeling kreeg Eben-Haëzer de laatste jaren te maken met toename van het aantal kinderen. In 2013 werd opnieuw een begeleide kamer bewoning (BKB) gestart. Nu aan de Albert Cuypsingel. In 2014 en in 2015 kwam hier nog een woning voor een externe V.O.-groep bij.